校长办公室（档案馆、法律事务办公室、信访办公室挂靠）

人事处（人才工程办公室、人才交流中心、教职工发展中心挂靠）

教务处（招生办公室、卓越学院、教师教学发展中心、师范教育中心挂靠）

科学技术处（重大科技项目与成果办公室、镇江工程技术研究院、学术委员会秘书处挂靠）

社会科学处

研究生院（学科建设办公室挂靠）

国际合作与交流处（港澳台事务办公室合署，留学服务中心挂靠）

学生工作处（学生资助服务中心合署，学生就业指导与服务中心、心理健康教育中心、创新创业学院办公室、“三全育人”创新发展中心办公室、易班发展中心挂靠）

规划发展处（教育教学研究与评估中心合署）

校友会与对外联络办公室

财务处

审计处

信息化处（信息化中心合署）

实验室与设备管理处（分析测试中心、实验动物中心挂靠）

国有资产管理处（资产经营管理有限公司合署）

基建处

后勤管理处（后勤服务集团合署）

安全保卫处

退休教职工管理处

采购与招标办公室